日本研究所是吉首大学下属的专门从事日本研究的学术机构，挂靠外国语学院。研究所设立的3个研究方向，研究范围涵盖多个领域，常年为研究人员提供丰富的资料和内外的学术交流，使研究所的成员有更多的研究空间、更好地培养日本研究方向的人才研究所具体具体工作如下：

1.以个人或集体研究为基础，重点研究当代日本，承担国家、学校、院、所课题，进行专题研究。

2.开展学术交流，邀请国内外专家学者来所讲学，派遣研究人员赴日本从事研究考察、进修等学术活动，与国外有关机构交换资料，举办学术讨论会等。

3.加强与全国日本研究机构之间和与日本有关研究机构间的研究交流与合作、推动信息的交流。

4.研究所利用现有资源、根据各研究方向开办面向学校或社会的高层次日本研究人才培训班。

本研究所将对所有本所研究人员和志愿研究日本问题的本校及外校研究人员（包括硕士生、博士生）、学者开放，同时公开研究成果、研究课题，积极吸纳外部有识之士参与研究和共同开展研究，接受外部委托研究项目和捐款赠书。